Bereits vor über 100 Jahren wurden Verfahren zur biologischen Bewertung der Gewässerbelastung entwickelt. Hauptbelastung bildete zu dieser Zeit die Sauerstoffzehrung infolge von Abwassereinleitungen. Inhaltsstoffe des Abwassers werden zwar im Gewässer abgebaut, allerdings unter Verbrauch von Sauerstoff (sogenannte Selbstreinigung).
Da Sauerstoffdefizite die Lebensgemeinschaft im Gewässer stark verändern, wurde diese Veränderung als Maß für die Belastung herangezogen. Es kam zur Einteilung in „biologische Gewässergüteklassen“.
In den zurückliegenden Jahrzehnten hat sich die Wasserqualität durch den Bau von Kläranlagen wesentlich verbessert. Die ursprüngliche Belastung durch organische Substanz dominiert zwar nicht mehr den Gütezustand, ist aber ein wichtiger Teilaspekt neben anderen Belastungsquellen wie z.B. Nährstoffeinträgen, strukturellen Mängeln oder hydraulischer Belastung infolge von Niederschlagswassereinleitungen.
Die Bewertung der Gewässergüte ist ein wichtiger Baustein zur Beurteilung des ökologischen Zustandes, sie ist aber durch weitere Bewertungsverfahren (chemisch/physikalische Parameter, Strukturbewertung bzw. etc.) zu ergänzen. Außerdem sind für eine umfassende Bewertung weitere Organismengruppen wie Fische und Algen zu berücksichtigen.
Bei wasserrechtlichen Zulassungsverfahren für Einleitungen oder sonstigen Gewässerbenutzungen wird sichergestellt, dass Einflüsse auf die Gewässerqualität auf ein ökologisch verträgliches Maß beschränkt werden und keine nachhaltigen Schädigungen des Gewässers und der Lebewesen entstehen.
Bei Bedarf werden Untersuchungen zur Bestimmung der Gewässergüte und Gewässerstrukturgüte, unter anderem an Einleitungen von Regenwasserkanälen oder Regenentlastungsanlagen, durchgeführt. Eine Grundlage zur Abschätzung und Bewertung von Einleitungen bietet der „Leitfaden für das Erkennen kritischer Gewässerbelastungen durch Abwassereinleitungen in Hessen“.