Nach dem Wasserhaushaltsgesetz (WHG) sind der Bau, der Betrieb und die wesentliche Änderung von Kläranlagen (sog. Abwasserbehandlungsanlagen) dann genehmigungspflichtig, wenn eine Pflicht zur Durchführung einer Umweltverträglichkeitsprüfung besteht. Andere Abwasseranlagen bedürfen nach dieser Vorschrift keiner Genehmigung. Sie können aber nach sonstigen gesetzlichen Bestimmungen genehmigungspflichtig sein, zum Beispiel nach dem Hessischen Naturschutzgesetz oder wegen der Lage in einem Wasserschutz- oder Überschwemmungsgebiet.
Das Genehmigungsverfahren wird in der „Verwaltungsvorschrift zur Durchführung wasserrechtlicher Zulassungsverfahren für kommunale Abwasseranlagen und Abwassereinleitungen“ sowie im Merkblatt „Wasserrechtliche Zulassungsverfahren für kommunale Abwasseranlagen und Abwassereinleitungen in Hessen“ ausführlich beschrieben. Dort sind unter anderem die für die Durchführung des Verfahrens erforderlichen Antragsunterlagen aufgeführt. Weitere Hinweise, insbesondere zur Bearbeitung von Genehmigungsverfahren, finden sich im Verfahrensbuch „Wasserrechtliche Zulassungsverfahren für kommunale Abwasseranlagen und Abwassereinleitungen“.
Für die Durchführung von Genehmigungsverfahren werden Verwaltungskosten erhoben. Welche Kosten im Einzelnen entstehen, ist in der Verwaltungskostenordnung für den Geschäftsbereich des Ministeriums für Umwelt, Energie, Landwirtschaftund Verbraucherschutz geregelt.
Ist mit dem Betrieb einer Abwasseranlage eine Gewässerbenutzung verbunden, ist auch immer eine Einleiteerlaubnis erforderlich.